ملاقلی پور پس از آن به ساخت فیلمهای مستند جنگی از عملیاتها پرداخت و فیلم کوتاه «شاه کوچک» را با دوربین 16 م.م ساخت که موفق به دریافت جایزه بهترین فیلم از جشنواره وحدت شد.
او نخستین فیلم بلند خود را در سال 1363 با نام «نینوا» با دوربین 16 م.م ساخت و به این ترتیب به سینمای حرفه ای راه یافت.
رسول ملاقلی پور با ساخت پرواز در شب (1365) جایزه بهترین فیلم را از جشنواره پنجم فیلم فجر بدست آورد.
با افق قدرت کارگردانی خود را به رخ همگان کشید و با ساخت مجنون و خسوف همگام با شرایط روز حرکت کرد.
اما با فیلم پناهنده نزد منتقدان به محبوبیت رسید و در سال 1374 یکی از بهترین فیلمهایش را ساخت: سفر به چزابه .
شکست سفر به چزابه در اکران عمومی و توقیف نجات یافتگان، ملاقلی پور را واداشت تا برای جبران ضرر، بدترین فیلم کارنامه اش را رقم بزند: کمکم کن. و برای اثبات توانایی هایش یک سال بعد هیوا را ساخت که در جشنواره هفدهم فیلم فجر جایزه بهترین کارگردانی و بهترین فیلم را علاوه بر جوایز دیگر نصیب خود کرد.
اما در سال 1378 ملاقلی پور فیلم سه اپیزودی نسل سوخته را ساخت و خیلی چیزها را ثابت کرد. نسل سوخته شاهکار ملاقلی پور است.
قارچ سمی که در سال 1380 ساخته شد، تمام ضعفهای کمکم کن و تمام قوتهای نسل سوخته را یکجا با خود داشت. یک فیلم خوش ساخت با شخصیتها و نگاهی آشفته و روان پریش.
مزرعه پدری جدیدترین ساخته ملاقلی پور که در روز 20 آبان 1381 کلید خورد، به گفته خودش خداحافظی او از سینمای دفاع مقدس را به همراه خواهد داشت.
* منبع : وب سایت صدا و سیما
روحش شاد